De rode panda en Cserhati (10): wasberen WGKS?

In de inleiding van zijn BMC Genomics stuk haalt Cserhati Flynn et al (2000), Yu en Zhang (2006), Sato et al (2009) en Yu et al (2011) aan. Deze vier artikelen geven de families wasberen Procyonidae en marterachtigen Mustelidae als zustergroep van elkaar, samen wel Musteloidea sensu stricto genoemd. Bovendien geven alle genoemde artikelen de Musteloidea sensu lato als superfamilie met de vier families rode panda Ailuridae, stinkdieren Mephitidae, Procyonidae en Mustelidae.

Ook voor Cserhati had de vraag dus moeten zijn wat de onderlinge volgorde van de Ailuridae, de Mephitidae en de Musteloidea sensu stricto is binnen de Musteloidea sensu lato.

Cserhati legt de nadruk op het belang van Whole Genome data.

The advantages of using a genomics-based algorithm to analyze the WGS of these organisms is that it takes all the information present in the WGS, as opposed to just a handful of genes, utilized in gene studies

Dan zou te verwachten zijn Cserhati voor alle families binnen de Musteloidea een WGKS profiel opstelde, ook van de wasbeerfamilie Procyonidae. De wasberen ontbreken in zijn WGKS analyse. Waarom?

 

Een mogelijk antwoord is dat er geen whole-genome studie van de wasbeerfamilie beschikbaar was. In elk geval was er geen whole genome studie van de wasbeerfamilie beschikbaar toen Cserhati zijn BMC Genomics artikel schreef. Er wordt voor de geschiedenis van het artikel BMC Genomics opgegeven: Received: 18 May 2020 Accepted: 14 March 2021.

Het enige artikel dat ik kan vinden over whole genome sequencing voor de wasbeerfamilie verscheen toen Cserhati's artikel onder review was, online op 17 december 2020:

Tsuchija et al, 2021. Whole-Genome Sequencing of Procyonids Reveals Distinct Demographic Histories in Kinkajou (Potos flavus) and Northern Raccoon (Procyon lotor) Genome Biology and Evolution 13, January 2021, evaa255, https://doi-org.proxy.library.uu.nl/10.1093/gbe/evaa255

Published: 17 December 2020

Het had alertheid gevergd om dit op tijd op te merken.

 

Een andere vraag is of het uitmaakt dat de wasberen ontbreken bij de WGKS analyse.

De wasberen zijn steeds de zusterfamilie van de familie marterachtigen. De mogelijke indelingen van de superfamilie Musteloidea zijn:

 

Bij ontbreken van een soort van de wasbeer familie komt er alleen bij de onderste mogelijke indeling een zustergroep relatie van de rode panda Ailuridae met de Mustelidae. Dit komt over een met de fylogenetische boom van Law et al (2018). Dit betekent dat de wasberen niet strict nodig zijn om te zien welke plaatsing van de rode pana de WGKS data opleveren.

Wel had aanwezigheid van een soort of soorten van de wasbeer familie kunnen verhinderen dat een zustergroep relatie tussen de rode panda en de familie marterachtigen verkeerd geïnterpreteerd werd, alsof de rode panda tot de marterachtigen behoort.

 **

Cserhati, M., 2021, A tail of two pandas – whole genome k-mer signature analysis of the red panda (Ailurus fulgens) and the Giant panda (Ailuropoda melanoleuca), BMC Genomics 22: 228

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-021-07531-3

https://creationismeweersproken.blogspot.com/2023/01/de-rode-panda-en-cserhati-5-de.html 

 

M.T.N Tsuchiya, R.B Dikow, K.P Koepfli, P.B Frandsen, L.L Rockwood, J.E Maldonado, 2021. Whole-Genome Sequencing of Procyonids Reveals Distinct Demographic Histories in Kinkajou (Potos flavus) and Northern Raccoon (Procyon lotor) Genome Biology and Evolution, Volume 13, Issue 1, January 2021, evaa255, https://doi-org.proxy.library.uu.nl/10.1093/gbe/evaa255. Published: 17 December 2020