De rode panda en Cserhati (18): Cserhati op Oorsprong
Op 5 november 2022 schreef Jan van Meerten op zijn website Oorsprong een artikel met de titel: Wetenschapper lost (creationistisch) biosystematisch raadsel van de rode panda (Ailurus fulgens) op. Een dr. M. Cserhati had onderzoek gedaan naar de rode panda, en de resultaten gepubliceerd in het wetenschappelijke tijdschrift BMC Genomics en in het creationistische tijdschrift Creation Research Society Quarterly.
Jan van Meerten omschreef de uitkomst van het onderzoek als: "De resultaten van deze studie laten zien dat de rode panda behoort tot de marterachtige (Mustelidae)." Dit was gebaseerd op wat Cserhati zegt in BMC Genomics: 'De belangrijkste conclusie die we uit dit onderzoek kunnen trekken is, dat op het niveau van het volledige genoom, A. fulgens behoort tot de clade van de marterachtigen.' En op wat Cserhati zegt in CRSQ: 'Waarschijnlijk dat de rode panda tot het holobaramin van de marterachtigen behoort.' (Vertaling Jan van Meerten)
Nu hoef je niet veel te weten over de rode panda om te weten dat 'rode panda een marterachtige' niet kan kloppen. Ooit (2010) had ik naar de rode panda gekeken, en de indeling van de rode panda bleek niet volkomen duidelijk maar ook niet al te raadselachtig. Er is een club van vier families, de marters, wasberen, stinkdieren en de rode panda (de rode panda vormt zelf een familie) in de superfamilie Musteloidea. Alle studies kregen (in 2010) de combinatie (marters , wasberen), maar dan? Is het (rode panda , (stinkdieren , (marters , wasberen))), of (stinkdieren , (rode panda , (marters , wasberen)))? Leuk probleem: hoe zit precies de volgorde van die snelle splitsing tussen stinkdieren, rode panda en marters+wasberen? Maar de rode panda een marterachtige? Nooit in de hele wetenschappelijke literatuur. Er is iets geks met wat Cserhati doet.
Dus ik keek er wat verder naar, en schreef een 1000 woorden commentaar op de website Panda's Thumb (2 december 2022). Cserhati mengde zich in de discussie op Panda's Thumb en schreef een 4000 woorden commentaar op Oorsprong (13 december 2022). Daarna schreef ik in in 2023 een lange serie over de wetenschappelijke literatuur over de rode panda en alle fouten in Cserhati's beide artikelen op mijn website 'creationisme weersproken blogspot'.
Nu is mijn commentaar op het stuk van Cserhati op Oorsprong aan de beurt.
I Tot Figure 1
In de eerste 141 woorden, de titel met het stukje boven het plaatje, staan acht onjuiste beweringen.
1 De titel "Evolutionists on Panda’s Thumb Attack Well-Respected Science Journal" geeft de indruk dat het stuk in Panda's Thumb een aanval is op BMC Genomics. Het is daarentegen kritiek op beide stukken van Cserhati, en dat heeft niet te maken met BMC Genomics. Het heeft te maken met het slechte werk dat Cserhati geleverd heeft. Weliswaar staat de vraag: "One problem: how did a paper as bad as this ever get through review and published?" op Panda's Thumb bij de sectie over het BMC Genomics stuk, maar het geldt ook voor het CRSQ stuk.
2 'Some have classified it (de rode panda) as a cat...' Dit is fout. Niemand heeft de rode panda ooit ingedeeld bij de familie katten Felidae. Het wordt ook niet beweerd in een artikel van Cserhati. Het CRSQ artikel zegt: "Geoffroy-Saint-Hilare and Cuvier originally classified the red panda as a member of the raccoon family (Procyonidae), although they ended up calling it Ailurus, because of its somewhat feline appearance". Dus de rode panda is ingedeeld bij de wasberen Procyonidae bij zijn eerste beschrijving. Dat was in 1825, en sindsdien zit de rode panda opgescheept met een naam die in het Oud-Grieks 'wilde kat' betekent.
3 "Some have classified it as a cat, some as a relative of small carnivorous animals, such as minks or weasels, ..." Dit is fout. Niemand heeft de rode panda ooit ingedeeld bij de nertsen en wezels of bij de familie waar de nertsen en wezels bij horen. De nertsen en de wezels horen bij de onderfamilie Mustelinae van de familie marterachtigen Mustelidae. In de inleiding van het BMC Genomics artikel geeft Cserhati drie literatuurverwijzingen voor het idee dat de rode panda bij de marterachtigen hoort: één fout aangehaald, - er staat musteloid en Cserhati leest mustelid - , en twee fout geïnterpreteerd.
4 "Some have classified it as a cat, some as a relative of small carnivorous animals, such as minks or weasels, yet others claim that it is a relative of the giant panda, Ailuropoda melanoleuca. .." Hier gaan heden en verleden door elkaar. De bron van Cserhati, Flynn et al (2000) geeft aan dat dit toch wel 'claimed' en niet 'claim' moet zijn. Flynn et al (2000) schrijven namelijk over de oudere literatuur: "(red panda) sister taxon to the giant panda either with uncertainty about their broader relationships (Segall, 1943) or with the panda clade as sister taxon to ursids (Ginsburg, 1982)". Dat is toch wel wat lang geleden om in 2022 de tegenwoordige tijd te gebruiken.
5 "Similar to the duck-billed platypus, biologists do not know where to put this animal, ...". De rode panda wordt al minstens 25 jaar in de superfamilie Musteloidea geplaatst, in een snelle splitsing tussen stinkdieren, rode panda en marters+wasberen. De vraag was hoe de kleine afstanden tussen de families op te lossen waren (zie blogpost 2). In feite was met het artikel van Hassanin et al (2021) de plaatsing van de rode panda wel beslist. Dat had Cserhati eind 2022 kunnen weten. In 2020 of daaromtrent toen Cserhati zijn artikelen schreef stond ook al vast dat de rode panda tot de Musteloidea sensu lato maar niet tot de Musteloidea sensu stricto behoorden. Dus, er waren alleen de drie mogelijkheden die ik hier (blog 2) noem.
6 "Similar to the duck-billed platypus, biologists do not know where to put this animal, all the while thumbing its nose at them". Het vogelbekdier wordt opgevoerd zonder enige geldige reden. Het vogelbekdier is het enige nog levende lid van de familie vogelbekdieren (Ornithorhynchidae) en de onderorde vogelbekdierachtigen (Platypoda), binnen de orde Monotremata van de zoogdieren. Netjes ingedeeld, met een evolutionaire geschiedenis. Voor onbevooroordeelde informatie zie wikipedia; voor een bevooroordeeld oninformatief verhaal zie het creation.com item waarop Cserhati op zinspeelt
7 "Molecular characterization of this species based on small sets of genes also did not fare any better, and evolutionists contradicted one another again in further attempts to classify this animal." Niet correct. Flynn et al (2000) hadden "a total of 3450 bp ... for 17 carnivoran species" - voor huidige begrippen weinig, maar ze kwamen tot een indeling die overeenkomt met de meest recente indeling, die van Hassanin et al (2021) op veel meer materiaal.
8 "Molecular characterization of this species based on small sets of genes also did not fare any better, and evolutionists contradicted one another again in further attempts to classify this animal." Er is wat verschil tussen debat en contradictie, maar de verschillen in plaatsing van de rode panda waren nooit groot - het gaat alleen over de plaats van de rode panda binnen de superfamilie Musteloidea. Niemand maakt van de rode panda een verwant van bv de beerkat, (Arctictis binturong), al mag die wat uiterlijk, levenswijze en verspreidingsgebied overeenkomen met de rode panda. De beerkat hoort bij de civerkatfamilie Viverridae.
II Cserhati’s Table 1
Dat was het eerste stuk, boven het eerste plaatje. Daarna krijgen we:
"To illustrate the fact that evolutionists themselves cannot make heads or furry red tails of where to place the red panda, see Table 1 below to see how various evolutionist researchers tried to classify this mysterious animal."
Cserhati’s Table 1 geeft niet hoe wetenschappers de rode panda classificeerden, maar Cserhati’s foutieve interpretatie van hun wetenschappelijk werk.
Dit is Cserhati’s Table 1.
Researcher(s) |
Analysis |
Conclusion |
Peng et al |
13 mitochondrial genes |
Either mustelid or mephitid |
Fulton and Strobeck |
3 nuclear and 3 mitochondrial genes |
Related to Mephitis mephitis |
Yu and Zhang |
Introns 4 and 7 of nuclear FGB gene, ND2 mitochondrial gene |
Sister to procyonids |
Sato et al |
5.5 Kbp segment containing 5 nuclear genes |
Closer to mustelids or procyonids |
Cserhati geeft vier artikelen en slaagt erin vier keer een foute conclusie te trekken.
Tabel 1 regel 1 Het artikel van Peng et al (2007) gaat over plaatsing van de reuzenpanda bij de berenfamilie Ursidae, met een hele serie min of meer verwante soorten als achtergrond, als buitengroepen. De Musteloidea zijn deel van de buitengroep. Voor de Musteloidea is er per familie een vertegenwoordiger: de rode panda voor zichzelf als familie Ailuridae, de wasbeer voor de Procyonidae, het gestreepte stinkdier voor de Mephitiden en de Amerikaanse marter voor de Mustelidae. Peng geeft twee analyses.
Dit is de NJ methode.
 |
| Figuur 1 Figuur 2A van Peng et al (2007) |
Hier staat de rode panda als zustergroep van de Amerikaanse marter, maar aangezien er maar één soort van de familie Mustelidae is, kun je daaruit niet concluderen dat de rode panda tot de Mustelidae behoort: “mustelid” is foutief geredeneerd.
Dit is de ML methode:
 |
| Figuur 2 Figuur 2B van Peng et al (2007) |
Hier staat de rode panda als zustergroep van het gestreepte stinkdier, maar aangezien er maar één soort van de familie Mephitidae is, kun je daaruit niet concluderen dat de rode panda tot de Mephitidae behoort: "mephitid” is foutief geredeneerd. Het gaat om een basale fout.
De rode panda, als familie Ailuride, blijkt mogelijk de zusterfamilie van de Mustelidae of de Mephitidae. Geen sprake van dat de rode panda deel zou uitmaken van de familie Mustelidae of Mephitidae, zoals 'mustelid or mephitid' suggereert. Cserthati begrijpt het idee zustergroep niet. In ieder geval leest hij het artikel van Peng et al (2007) verkeerd. Cserhati's aanhaling van het werk van Peng et al is ook verkeerd: zowel in het BMC Genomics artikel als het CRSQ artikel als op Oorsprong geeft Cserhati de datum '2017' terwijl het artikel stamt uit 2007.
Table 1 regel 2 Fulton & Strobeck (2007) is een studie van de fylogenie binnen de familie wasbeerachtigen Procyonidae, met de rode panda, twee zeeroofdieren en de wolf als buitengroep.
 |
| Figuur 3 Figuur 1 van Fulton & Strobeck (2007) |
Fulton & Strobeck (2007) geven verschillende analyse methoden. Maximum Likelihood en Bayesian geven de rode panda Ailuridae als zustergroep van Mephitidae + Mustelidae + Procyonidae (fig 1a,b); MP geeft de rode panda als zustergroep van de Mephitidae (fig 1c).
"Related to Mephitis mephitis" - Hoogstens is er sprake van een zustergroep relatie tussen de familie Ailuridae en de familie Mephitidae. De voorkeur van Fulton & Strobeck (2007) gaat naar fig. 1ab, met de rode panda Ailuridae als zustergroep van de drie andere families binnen de Musteloidea.
Tabel 1 regel 3 Yu & Zhang (2006) geven een indeling van de hondvormigen, een van de twee hoofdgroepen van de orde roofdieren.
In Tabel 1 zegt Cserhati: "Introns 4 and 7 of nuclear FGB gene, ND2 mitochondrial gene - Sister to procyonids"
In zijn inleiding van het BMC Genomics artikel zegt Cserhati:
"Yu and Zhang studied introns 4 and 7 from the nuclear gene ß-fibrinogen (FGB) as well as the mitochondrial gene NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2) in 17 species from the order Carnivora. In their results these researchers found that A. fulgens is most closely related to procyonids based on analysis of intron 4 of the FGB gene. But when intron 7 was analyzed, it clustered towards ursids. Classification based on the ND2 gene A. fulgens clustered with mustelids, but these results had poor bootstrapping support. When the two introns were combined with analysis of the genes IRBP and TTR, A. fulgens was closest to mustelids [9]. "
Cserhati geeft in de tabel op Oorsprong een andere interpretatie van de resultaten van Yu & Zhang dan in zijn inleiding van het BMC Genomics artikel. Beide interpretaties zijn fout.
Cserhati verwart in zijn inleiding van het BMC Genomics artikel drie keer de lay-out van de fylogenetische boom met de indeling volgens de fylogenetische boom. (Zie blog 5 van deze serie voor de figuren). Dat is nogal een elementaire fout.
Op Oorsprong schijnt Cserhati vergeten wat hij gezegd had in de inleiding van het BMC Genomics artikel, maar weer verwart Cserhati de lay-out van een fylogenetische boom met de indeling volgens een fylogenetische boom.
Yu & Zhang (2006) geven voor "Introns 4 and 7 of nuclear FGB gene, ND2 mitochondrial gene" de rode panda als zustergroep van de Musteloidea sensu stricto, dus als zustergroep van de familie marterachtigen Mustelidae en de familie wasbeerachtigen Procyonidae samen.
Tabel 1 regel 4 Sato et al (2009) is het enige van de vier hier genoemde artikelen dat echt over de plaatsing van de rode panda gaat. Sato et al (2009) geven de volgende fylogenetische boom:
 |
| Figuur 4 Figuur 3 van Sato et al (2009) |
De conclusies van Sato et al (2009) zijn:
All our phylogenetic analyses, both the probabilistic and parsimony ones, strongly supported a close relationship between the red panda and a clade containing Mustelidae and Procyonidae to the exclusion of Mephitidae (Fig. 1).
The close affinity of the red panda with the mustelids and procyonids to the exclusion of mephitids had been first hypothesized in our previous study (Sato et al., 2006) and a few months later was independently confirmed by Fulton and Strobeck (2006).
Dus, Sato et al (2009) geven de rode panda als de zustersoort van de Musteloidea sensu stricto, de marterachtigen Mustelidae en de wasbeerachtigen Procyonidae samen. De conclusie van Sato et al (2009) weergeven als "Closer to mustelids or procyonids" is zuiver en alleen onbegrip. Gewoon fout. Wat zou Cserhati denken dat Sato's "a clade containing Mustelidae and Procyonidae" betekent?
Yu & Zhang (2006) en Sato et al (2009) geven dezelfde fylogenetische boom, een fylogenetische boom die ook verder voorkomt in de literatuur; zie daarvoor blog 2. Fulton & Strobeck (2007) geven een iets andere vaak gevonden fylogenie (zie weer blog 2).
Tabel 1 was bedoeld voor: "To illustrate the fact that evolutionists themselves cannot make heads or furry red tails of where to place the red panda, see Table 1 below to see how various evolutionist researchers tried to classify this mysterious animal."
Het enige nut van Table 1 is to illustrate the fact dat Cserhati niet in staat is de wetenschappelijke literatuur te lezen.
Merk op dat deze vier artikelen afkomstig zijn uit 2007, 2006, 2007 en 2009. Cserhati is onbekend met recente wetenschappelijke artikelen, ofwenst deze niet te citeren.
III
Na de tabel komen 1245 woorden die er niet toe doen.
IV Cserhati’s commentaar op post en discussie op Panda’s Thumb
Na zijn figuur 3 komt Cserhati ter zake en begint met de bespreking van blogpost en het eerste deel van de discussie op Panda's Thumb. Cserhati geeft vier stellingen die volgens hem te vinden zijn op de Panda's Thumb website. Cserhati is het niet eens met die vier stellingen. De Panda’s Thumb stellingen volgens Cserhati zijn hier in schuin en vet gedrukt.
IV A
1. The red panda and the marten family (Mustelidae) are sister groups. Ailurus fulgens is not a member of Mustelidae.
Ik schreef op Panda’s Thumb: ”Nowhere in his (Cserhati’s) analyses does the red panda appear within the marten group. At most we see a monophyletic group of the marten and panda families.” Kennelijk is Cserhati het daarmee niet eens, aangezien hij dit aanmerkt voor commentaar.
Cserhati zegt in zijn BMC Genomics artikel: “The main conclusion that we can draw from this study is that on a whole genome level A. fulgens possibly belongs to the mustelid clade,” “Based on this evidence, A. fulgens would belong to mustelids as a monophyletic group.” “In conclusion, A. fulgens possibly belongs to Mustelidae, based on the analysis of the WGKS.”
Cserhati’s conclusie is pertinent onjuist. Niet alleen dat, maar deze conclusie is gebaseerd op veronachtzamen van de eigen resultaten. Cserhati’s eigen resultaten laten zien dat de rode panda een eigen groep vormt.
De rode panda als zustergroep van de marterachtigen Mustelidae volgt uit Cherhati's BMC Genomics figuur 2 (UPGMA fylogenetische boom op WGKS, blogpost 7) en figuur 4 (UPGMA op mtDNA, blogpost 12). De NJ en ML analyses geven de rode panda als onafhankelijke groep zelfs bij de vreemde interpretatie van Cserhati; en als de beren op correcte manier als buitengroep genomen worden, als onafhankelijke groep en zustergroep van de overige drie families binnen de Musteloidea. (Zie blogpost 12 voor verdere uitleg). Deze vier fylogenetische bomen, de figuren 2, 4, 5, 6 uit het BMC Genomics artikel, geven de werkelijke resultaten van Cserhati.
Cserhati gaat echter volledig af op de heatmap van de WGKS correlaties (WGKS = Whole Genome Octamer Scores). Dit is niet verantwoord. Ten eerste zou een heatmap geschikt moeten zijn voor classificatie; en dat is een heatmap niet. Ten tweede zou de rode panda dan in de heatmap binnen de martergroep moeten vallen; de rode panda valt niet binnen de marterachtigen in de heatmap. Cserhati geeft de heatmap van de WGKS correlaties als zijn figuur 1 uit het BMC Genomics artikel en als figuur 4 op Oorsprong. In die figuur is duidelijk te zien dat de correlaties van de rode panda met de soorten van de marterfamilie lager zijn dan de correlaties van de soorten van de marterfamilie onderling. Cserhati beaamt dat: "It is true that the red panda has a mean correlation value of 0.89 with the mustelids, whereas the mean correlation among mustelids is 0.95±0.04". Het verschil is significant, zoals ik zei op Panda's Thumb en bij de bespreking van de BMC Genomics resultaten. Cserhati ontkent dat niet.
Cserhati neemt een heel andere draai, met een kromme redenering. Hij verwijst naar het verschil tussen de zwartvoetkat Felis nigripes en de andere tien soorten uit de kattenfamilie. In zijn WGKS analyse heatmap met correlaties blijkt de zwartvoetkat sterk te verschillen van de andere katten: zelfs significant te verschillen. Nu is de zwartvoetkat ongetwijfeld een soort van de kattenfamilie Felidae.
Dan redeneert Cserhati:
(i) kennelijk is onder WGKS een groot verschil tussen een soort A en de andere soorten van zijn familie mogelijk;
(ii) dan betekent een groot verschil tussen een soort B en bekende soorten van een familie dat soort B tot dezelfde familie als die andere soorten zal behoren.
Ergens in de discussie op Panda's Thumb zegt Cserhati: "Since we know from biology that F. nigripes belongs to the cat baramin, then why can we then not infer that the red panda is a mustelid, with its smaller distance?" Het antwoord is natuurlijk: "Because, if A implies B, it is not necessary that B implies A."
In het BMC Genomics artikel zegt Cserhati naar aanleiding van het verschil van de zwartvoetkat: "Based on this (black footed cat) evidence, A. fulgens would belong to mustelids as a monophyletic group." Het is helemaal geen 'evidence'. Cserhati heeft nergens in zijn twee artikelen 'evidence' dat de rode panda een mustelid zou zijn, zou behoren tot de familie marterachtigen Mustelidae.
Cserhati protesteert op Oorsprong en in de discussie op Panda's Thumb dat ik op Panda's Thumb niet op zijn verhaal over de zwartvoetkat ben ingegaan. Ik had het uiteraard gelezen, maar deze kronkelige redenering niet van belang geacht, gezien de duidelijke resultaten van de rest van de analyses.
Naar aanleiding van de zwartvoetkat komt de vraag op waar correlaties in WGKS eigenlijk op slaan. Kennelijk is onder WGKS een groot verschil tussen een soort A en de andere soorten van zijn familie mogelijk; dat pleit niet voor WGKS als methode. De UPGMA fylogenetische boom op de WGKS laat duidelijk zien dat WGKS tot artifacten in de indeling leidt (BMC Genomics figure 2).
Cserhati geeft geen datafile voor Whole Genome Octamer Scores voor zijn 28 soorten bij de supplementary files op internet gezet zover ik kan zien. Dat belet dat iemand inzicht verkrijgt hoe die octamer scores zich gedragen. Het is nodig te weten hoe de octamer scores zich gedragen om kop of staart van de vreemde positie van de zwartvoetkat in de WGKS analyse te maken. In de WGKS analyse verschilt de zwartvoetkat Felis nigripes sterk van de huiskat Felis catus. Dat is iets dat verklaring, minimaal aandacht, nodig heeft. Vooral omdat Cserhati steeds hoog opgeeft van zijn 'whole genome' methode.
Het probleem met Whole Genome Octamer Scores is dat het een niet gevalideerde methode is met onbekende gevoeligheden. Een nette validatie studie, bijvoorbeeld een Mitochondrial DNA Octamer score, of een Octamer Score profiel van een omschreven deel van het genoom, is nodig om te zien hoe bruikbaar octamer scores zijn voor fylogenie. Nu moeten we het doen met de bewering van Cserhati dat de octamer scores een goede maat zijn voor het hele genoom. Waarom zouden we dat op Cserhati’s woord geloven? Minimaal is nodig dat de data, de octamer scores, op internet staan. De vraag is namelijk in hoeverre octamer scores niet zozeer het belangrijke deel van het genoom maar alle microsatellites, repeats en defuncte transposons scoort. (Blogpost 6)
Cserhati had een studie moeten doen van de invloed van repeats, microsatellites, transposon numbers, op zijn octamer scores. Zonder dat is het de vraag of een correlatie tussen octamer scores iets anders aangeeft dan overeenkomst of verschil in aantal repeats. Soorten indelen op aantallen repeats is niet een voor de hand liggende of direct betrouwbare methode.
IV B
2. In the mtDNA study there is no outgroup, why was one not included?
Op Panda's Thumb schreef ik over het mtDNA deel van het BMC Genomics artikel.
The mtDNA sequences are subjected to phylogenetic analysis by UPGMA, Maximum Likelihood and Neighbour Joining. No outgroup is mentioned, and no outgroup seems to have been specified.
The three phylogenetic trees on mtDNA differ in the placement of the families. The mess seems the result of the lack of outgroup. When plotting an unrooted tree in a square format, the program picks the plot. The pandas do not appear within the marten family in any of the three phylogenetic trees.
Ik had dus een duidelijk bezwaar tegen de manier waarop Cserhati in het BMC Genomics artikel evolutionaire fylogenetische methoden gebruikt. In zijn antwoord op dat duidelijke bezwaar heeft Cserhati het alleen over baramin en baraminologische methoden: geen woord over de fylogenetische studies in het BMC Genomics artikel, terwijl het bezwaar daarover ging.
Het is onduidelijk of Cserhati begrijpt waarom een buitengroep gebruikt wordt. Cserhati begint met een correcte omschrijving van buitengroep: "outgroup species or groups to compare the group under study to a species or group of species that are known to be unrelated to the group under study."
Daarna echter begint de verwarring: ".. since the groups that I used (bears, cats, and martens) follow the “traditional classification" the use of an outgroup may be superfluous." Dat is totale nonsens. Het laat zien dat Cserhati niet begrijpt wat je met een buitengroep doet, namelijk de groepen van de "traditionele classificatie" op de juiste volgorde zetten in een hiërarchische indeling. Dan komt iets heel geks:
"De Jong wishes to impose her evolutionary view of classification on the species examined in this study, looking for an outlier species more basal or primitive than the species in the study".
Ten eerste, Cserhati maakt vier fylogenetische bomen, en dan is hij bezig met de "evolutionary view of classification" of hij het onderkent of erkent of niet. Ten tweede, ik vroeg niet om een "outlier species more basal or primitive" (een idiote omschrijving voor buitengroep), ik vroeg om een nette analyse van Cserhati's eigen mtDNA materiaal.
Cserhati gebruikt Neighbour Joining en Maximum Likelhood als fylogenetische methoden. "Both trees were constructed using the MEGA-X software [29], with parameters set to default values." (blz 9 van 12). Als je de data door een programma draait op de default krijg je een niet-gewortelde boom voor NJ en ML.
 |
| Figuur 5 Een niet-gewortelde boom van vier Operational Taxonomic Units A B C D, en de vijf gewortelde bomen die daarbij horen. De plaats van de wortel beslist over mate van verwantschap. |
Aan een niet-gewortelde boom heb je iets maar niet veel. Bij een niet-gewortelde boom weet je de onderlinge afstanden, maar niet de volgorde. En als je de volgorde niet weet, kun je niet goed indelen.
Voor een goede fylogenetische boom is worteling nodig, en worteling wordt bereikt door het aanwijzen van een buitengroep. Hier zijn de beren geschikt als de buitengroep voor de Musteloidea. Dat had Cserhati moeten kunnen opgeven aan de software. Nu krijgt hij vreemde resultaten, omdat hij de efficiënte manier waarop het programma een niet-gewortelde boom plot aanziet voor de uitkomst van zijn boom. Cserhati lukt het niet om lay-out van uitkomst te onderscheiden.
Met de beren als buitengroep geven zowel de NJ en ML analyses de rode panda als zustergroep van de overige drie families binnen de Musteloidea (Zie blogpost 12 voor verdere uitleg).
Er is een dieper probleem: een gewortelde fylogenetische boom geeft een hiërarchische indeling. En hoe je het wendt of keert, een hiërarchische indeling suggereert evolutie. Daarom clusteren creationisten liever, want clusteren geeft geen hiërarchie tussen de groepen.
IV C
3. The discordance between the mitochondrial DNA results and the genome shows that baraminology is useless.
Volgens Cserhati wordt dat in mijn Panda's Thumb post of in de discussie daarna beweert. Ik kan niet vinden waar dat zou moeten staan.
Zoeken op 'discordance' levert op één comment op:
"The BMC Genomics paper admits that the results are tentative and that there may be differences between mtDNA and the whole genome due to nuclear-mitochondrial discordance."
Een comment geschreven door Cserhati. Verder zegt niemand iets over nuclear-mitochondrial discordance. (Het is trouwens het CRSQ paper waarin Cserhati het over nuclear-mitochondrial discordance heeft, niet het BMC paper; Cserhati had dat moeten weten.)
Er is geen nuclear-mitochondrial discordance aanwijsbaar in de gegevens van Cserhati. Ten eerste, de UPGMA op WGKS en de UPGMA op mtDNA geven dezelfde indeling binnen de Musteloidea. Dus de directe vergelijking van Cserhati's 'nuclear' en zijn 'mitochondrial' fylogenetische boom vertonen geen ‘discordance’ in de classificatie van de rode panda. Ten tweede, Cserhati's beweert dat de mtDNA sequenties meer verschillen vertonen dan het nucleaire genoom zoals gerepresenteerd door WGKS. Dat klopt niet. In Tabel 2 hier staan het gemiddelde en het minimum van de correlaties tussen alle soortenparen van beren en Musteloidea in de drie analyses. WGKS en mtDNA hebben omstreeks dezelfde range in correlaties tussen soorten (blogpost 16). Dat houdt in dat er geen verschil is tussen genoom divergentie tussen soorten als in WGKS en mtDNA divergentie tussen de soorten.
TABEL 2 |
minimum correlation |
mean correlation |
WGKS |
0.666 |
0.838 |
mtDNA |
0.751 |
0.816 |
4. Baraminology is a fictional construct, and there is nothing real behind it.
In de discussie die volgde op mijn stukje op de website The Panda’s Thumb, merkte een zekere Heny J het volgende op: “Well, given that "baramin" is a fictional concept, why can't they (creationists) just make up something and leave it at that.” Dit is de enige keer dat ‘fictional’ in die post op The Panda’s Thumb voorkomt.
Dus, niet baraminologie, maar de baramin worden ‘fictional’ genoemd.
Baramin zoals creationisten dat begrip hanteren hebben weinig met Genesis 1 te maken. ‘Bara’’ ( בָּרָא ) is het werkwoord scheppen. Creationisten hebben een eigen invulling van het Hebreeuwse woord dat vertaald is als 'kind', 'naar zijn aard' in de traditionele Nederlandse vertalingen. Dat woord is mîn, en het komt bijna alleen in dit soort context voor. Het woord is een collectief, en geeft diversiteit aan:
Thus the biblical text emphasizes the diversity of life – plants and animals – with which God filled the sky, the sea, and the dry land he had created.
Consistent with the basic message of Genesis 1, the emphasis rests upon God’s creation of life in all its abundance and diversity. (Biologos)
Het punt is verscheidenheid: 'zoals ze zijn', 'zoals ze leven', namelijk graseters, roofdieren, vruchteneters, klimmers en gravers. Dat is hun 'aard'. 'Kind' is in het niet-creationistische Engels ook een woord met ruime betekenis. In de nieuwere Nederlandse vertalingen staat ‘naar hun soort’. Het is niet zeker wat de Nederlandse vertalers hier bedoelen: alle biologische soorten?
Cserhati’s interpretatie van Genesis is creationistische fictie: “Of course, within an individual baramin species are related to one another .... That is because Genesis 1:11, 12, 21, 24, and 25 declare that kinds form reproductive communities.” Waar staat dat in Genesis 1:11, 12, 21, 24, and 25? Laat ik de King James Version nemen voor Bijbelvertaling:
11 And God said, Let the earth bring forth grass, the herb yielding seed, and the fruit tree yielding fruit after his kind, whose seed is in itself, upon the earth: and it was so.
12 And the earth brought forth grass, and herb yielding seed after his kind, and the tree yielding fruit, whose seed was in itself, after his kind: and God saw that it was good.
21 And God created great whales, and every living creature that moveth, which the waters brought forth abundantly, after their kind, and every winged fowl after his kind: and God saw that it was good.
24 And God said, Let the earth bring forth the living creature after his kind, cattle, and creeping thing, and beast of the earth after his kind: and it was so.
25 And God made the beast of the earth after his kind, and cattle after their kind, and every thing that creepeth upon the earth after his kind: and God saw that it was good.
Er staat hier niets over soorten binnen een ‘kind’, of dat ‘kinds’ gesloten reproductieve gemeenschappen vormen. Dat soort detail is buiten Bijbels modern creationisme. Het vergt een hoge mate van fantasie om de creationistische baramin hier uit te halen . Het is misbruik van de Bijbel.
Al met al, baramin zijn buiten-bijbelse fictie.
Baraminologie heeft twee componenten: een statistische component, clustering, en een fictie component, de baramin, holobaramin, monobaramin, apobaramin. Er is geen enkele manier om een cluster in verband te brengen met Genesis. Clustering is geen goede methode voor indelen: het laat te veel detail weg.
Cserhati vindt het niet leuk dat ik baraminologie een verspilling van moeite noem, omdat het niets anders doet dan evolutionaire taxonomie herhalen. Cserhati ontkent dat baraminologie evolutionaire taxonomie herhaalt. Cserhati moet beter opletten. (i) In het artikel ‘A survey of Cenozoic mammal baramins” (Thompson & Wood 2018, aangehaald door Cserhati) geven Thompson & Wood het volgende resultaat: “Based on the successful analyses, we identified 59 putative holobaramins, 49 of which corresponded to families, seven to subfamilies (or portions of families), two to superfamilies (or multiple families), and one (Sirenia) to an infraorder (Table 3)”. Bekende groepen worden tot baramin verklaard. (ii) Lightner et al (2012) geven de families van de zoogdieren volgens de moderne moleculair-evolutionaire indeling als baramin. (iii) McLain et al (2018) krijgen de bekende dinosauriër groepen voor baramin bij dinosauriërs met veren, na veel onnodige omwegen met herhaalde clustering. (iv) Cserhati & Carter (2020) geven in hun Table 1 wat ze noemen een bekende ‘true cluster’ naast eigen clusters op grond van mtDNA en WGKS. Dat ‘true cluster’ is is de familie volgens de klassieke, bekende, evolutionaire indeling.
Het dierenrijk wordt hiërarchisch ingedeeld, omdat het dierenrijk hiërarchisch in elkaar zit. De hiërarchische structuur van het leven maakt een fictie van het hele idee dat baramin te vinden zouden zijn door clustering. Cserhati weet dat: zie het artikel van Cserhati & Carter (2020), met de titel ‘Hierarchical clustering complicates baraminological analysis’. Cserhati & Carter(2020) geven geen oplossing voor hun probleem. Integendeel. Hierbij acht citaten uit Cserhati & Carter (2020):
(i) One major issue is the hierarchical structure of species relationships. (blz 64)
(ii) Yet the greatest problem facing baraminology might well be the hierarchical structure of life (blz 66)
(iii) This simply means that cladistics can assemble any group of organisms into a hierarchy, regardless of whether they are truly related or not. And baraminology could be considered as just a mathematical expression of cladistics (blz 66)
(iv) Baraminology was designed to elucidate the real patterns, but it had no way of making absolute judgments about the boundaries between kinds (blz 66)
(v) Hierarchical clustering problems also present themselves when selecting species for baraminology studies. Species must be chosen at the right taxonomic level. If species are chosen too broadly, different clustering algorithms could put different species together which don’t belong to the same baramin. Conversely, if species are chosen from one single baramin, the algorithms will still find clusters (blz 67)
(vi) Thus, the promise of baraminology has not yet manifested itself. We do not yet have a way to make statistical determinations of group membership. (blz 67)
(vii) This study highlights one of the main problems of baraminology: the subjective classification of species into baramins (blz 71)
(viii) The fact that life follows a hierarchical pattern makes it hard to delimit the created kinds (blz 71)
Hier staat, in Cserhati & Carter (2020), baraminologie werkt niet. Er is geen methode om een baramin te herkennen. Ondanks dat Cserhati & Carter (2020) weten dat baraminologie niet werkt, blijven zij vasthouden aan baramin. De conclusie dat zij een hersenschim najagen blijkt voor hen onmogelijk. Baramin als fictie is Verboten.
In zijn Oorsprong stuk beweert Cserhati dat een baramin gevonden kan worden door vanuit twee richtingen te beginnen: begin met een grote groep beesten en deel die op in clusters,of begin met afzonderlijke soorten en maak grotere clusters. Ik heb Cserhati’s figuur en zijn bijschrift hier overgenomen.
 |
| Figure 6. The process of successive approximation. A. Starting from a larger group of species (the apobaramin) we drill down to find the holobaramin. B. Starting from individual monobaramins, we use clustering to approximate the holobaramin. When both processes meet we have the holobaramin. |
Nu zijn soorten geen puntjes in een vlak, en dit recept, eerst van beneden naar boven en dan van boven naar beneden tot je elkaar ontmoet, werkt dan ook niet – juist omdat het dierenrijk hiërarchisch in elkaar zit. Het is eenvoudig om te laten zien waarom niet.
Als richtlijn neem ik hoe Cserhati & Carter (2020) aangeven hoe baramin zich behoren te gedragen: “Species within the same kind should show continuity with one another on a morphological and a molecular level. They should also show discontinuity with all other species outside their kind.” Dit komt overeen met Hennigan (2010) en lijkt me standaard creationisme.
Ik gan nu eerst van boven naar beneden door de hiërarchische opbouw van het dierenrijk, en dan van beneden naar boven. Het voorbeeld is de aan de hand van de placentale zoogdieren. De hiërarchische indeling van de zoogdieren staat in figuur 7.
 | |
| Figuur 7. De hiërarchische indeling van de zoogdieren. Naar Lv et al (2021), figuur uit en.wikipedia.org/mammal |
(1) De Theria zijn een groep met interne continuïeit. Theria soorten hebben haar, een gedifferentieerd gebit (snijtanden, hoektand, valse kiezen, ware kiezen), ze wisselen één keer, hebben drie gehoorbeentjes in het middenoor, één bot in de onderkaak, en grote hersenen. Bovendien zijn de Theria moleculair genetisch continu ten opzichte van niet-Theria.
(2) In de meeste kenmerken zijn de placentale zoogdieren continu met de buideldieren en onderling– haar, melk etc, zie onder Theria. De placentale zoogdieren hebben allemaal een placenta bij de voortplanting, en zijn in dit kenmerk discontinu met de buideldieren. De placentale zoogdieren vormen moleculair genetisch een continue groep ten opzichte van de buideldieren, die moleculair genetisch een andere groep vormen.
(3) De placentale zoogdieren kunnen verdeeld worden in twee grote groepen, groep Atlantogeneta en groep Boreoeutheria, op moleculair genetische gronden. Ze zijn continu als placentaal zoogdier en Theria,en discontinu op moleculaire gronden.
Enzovoort. Minstens 15 stappen trap af tot de zeeotter, in geslacht Enhydra van de onderfamilie Lutrinae, steeds met overeenkomst op het niveau waarop je kijkt en een verschil onder dat niveau.
Andersom kan ook. Begin met de zeeotter, voeg de otters samen in de onderfamilie Lutrinae – een continue groep; voeg de Lutrinae samen met de onderfamilie Mustelinae – samen een continue groep; voeg Lutrinae + Mustelinae samen met de onderfamilie Gulolinae – samen een continue groep; voeg het geheel van deze drie onderfamilies samen, in drie stappen, met nog drie onderfamilies, en dan is er de familie Mustelidae – een continue groep. Dan kun je de trap oplopen volgens de indeling, en op elk niveau van de trap en hoger heb je continuiteit. Op elk niveau in een hiërarchische indeling is er een continue groep.
In een hiërarchische indeling is het mogelijk van boven naar beneden en van beneden naar boven te gaan zonder ooit halverwege vast te komen zitten: er is geen bevoorrecht niveau.
Al met al is het idee baramin fictie.
V Tot slot
Het probleem met Cserhati’s twee artikelen over de rode panda is dat het zulk slecht werk is. Dat is van meer belang voor het BMC Genomics artikel dan voor het CRSQ artikel: BMC Genomics is een wetenschappelijk tijdschrift.
Cserhati veronachtzaamt zijn eigen resultaat: de rode panda vormt een onafhankelijke eigen groep.
Cserhati heeft zich vastgebeten in zijn WGKS methode zonder enige rechtvaardiging daarvoor: uit de UPGMA fylogenetische boom op de WGKS resultaten blijkt duidelijk dat WGKS geen geschikte methode voor het classificeren van soorten is, maar Cserhati kijkt niet eens naar de UPGMA plaatsing van de rode panda.
Cserhati verwart de lay-out van zijn fylogenetische NJ en ML bomen met de fylogenetische boom zelf, omdat hij geen buitengroep gebruikt.
Cserhati blijkt de literatuur verkeerd te lezen, zie zijn inleiding van het BMC Genomics artikel en zijn Table 1 in het Oorsprong stuk.
Cserhati noemt geen recente wetenschappelijke literatuur over de classificatie van de rode panda.
***
https://evolutiebiologie.blogspot.com/2010/10/het-raadsel-van-de-rode-panda.html
http://pandasthumb.org/archives/2022/12/a-tale-of-two-papers.html
https://oorsprong.info/evolutionists-on-pandas-thumb-attack-well-respected-science-journal/
Peng, R., Zeng, B., Meng, X., Yue, B., Zhang, Z., and Zou, F. (2017) The complete mitochondrial genome and phylogenetic analysis of the giant panda (Ailuropoda melanoleuca). Gene 397:76–83
Fulton, T.L., and Strobeck, C. (2007) Novel phylogeny of the raccoon family (Procyonidae: Carnivora) based on nuclear and mitochondrial DNA evidence. Mol Phylogenet Evol. 43:1171–1177 (2017 moet 2007 zijn)
Yu, L., and Zhang, Y.P. (2006) Phylogeny of the caniform carnivora: evidence from multiple genes. Genetica 127(1–3):65–79
Sato, J.J., Wolsan, M., Minami, S., Hosoda, T., Sinaga, M.H., and Hiyama, K. (2009) Deciphering and dating the red panda’s ancestry and early adaptive radiation of Musteloidea. Mol Phylogenet Evol. 53(3):907–22
Thompson, C., & T.C. Wood. 2018. A survey of Cenozoic mammal baramins. In Proceedings of the Eighth International Conference on Creationism, J.H. Whitmore (editor), pp. 217–221, A1-A83 (appendix). Creation Science Fellowship, Pittsburgh, PA.
Lightner, J.K., T. Hennigan, G. Purdom, and B. Hodge. 2011. Determining the Ark kinds. Answers Research Journal 4:195–207.
Lightner, J.K. 2012 Mammalian Ark Kinds. Answers Research Journal 5:151-204
McLain, M.A., M. Petrone, and M. Speights. 2018. Feathered dinosaurs reconsidered: New insights from baraminology and ethnotaxonomy. In Proceedings of the Eighth International Conference on Creationism, ed. J.H. Whitmore, pp. 472–515. Pittsburgh, Pennsylvania: Creation Science Fellowship
Cserhati, M., & R. Carter, 2020. Hierarchical clustering complicates baraminological analysis. Journal of Creation 34:64-73
Lv, X., et al. 2021. Diverse phylogenomic datasets uncover a concordant scenario of laurasiatherian interordinal relationships. Molecular Phylogenetics and Evolution 157 (2021) 107065
Reacties
Een reactie posten